O desconto condicional, condiciona o desconto ao vencimento. Então, o cliente só terá o desconto se pagar até o vencimento.
Portando o desconto vai como instrução no boleto.

Criamos uma nova opção, que é o desconto não condicional.

Você poderá escolher essa opção em Cadastro de Clientes, aba Cobrança.
Em Condicional, escolha como NÃO.

E a porcentagem escolhida será descontada em valor e não como instrução.

Por exemplo.

Desconto Condicional = SIM - 10%:
Valor do pedido ou da nota R$ 100,00 - Desconto até o vencimento de R$ 10,00 (Aparecerá no valor do boleto R$ 100,00 e intrução até o vencimento de R$ 10,00)

Desconto Condicional = NÃO - 10%:
Valor do pedido ou da nota R$ 100,00 - Aparecerá no boleto R$ 90,00 como valor total.